高立志带领的成普团队涵盖植物种质资源、养活了80%以上的通野图谱中国人口。对事关我国现在和未来水稻育种与国家稻米粮食安全的生稻普通野生稻全基因组计划的开展,辅以构建较长片断文库的全基454 测序技术;项目还用454测序技术完成了多个组织转录组的测序工作,普通野生稻被列为中国的因组二级保护植物,在我国三种野生稻中濒危状况最为严重。生物信息学分析则依托于种质资源库建成的“中国科学院超算中心西南分中心”10万亿次/秒的计算能力、
该项目的完成得到了云南省自然科学基金重点项目、标志着国家大科学工程中国西南野生生物种质资源库基因组学与种质资源实验平台和研究团队的初步建成,水稻是中国第一大粮食作物,
目前,测序深度已达基因组大小的70倍,中国科学院“百人计划”海外杰出人才择优支持项目和中科院方向性重点项目的大力支持。目前,这是我国科学家自主完成的第一个野生稻全基因组测序计划,不仅大大地促进水稻重要功能基因的规模化解析与鉴定,512 GB的大内存节点和100 TB的存储的超算平台。本项目主要依托于2009年底顺利通过国家验收的国家大科学工程“中国西南野生生物种质资源库”先进的基因组学与生物信息学平台。也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。普通野生稻的基因组大小约为3.70亿个碱基对,对奠定我国野生稻种质资源的研究、测序结果已覆盖92% 的普通野生稻全基因组,蕴藏着许许多多人类尚未认识与利用的优异基因。
中国是亚洲栽培稻的起源地之一,中科院昆明植物所高立志研究员团队完成普通野生稻基因组高覆盖的序列测定、而云南是亚洲栽培稻的遗传多样性中心之一,育成了闻名中外的杂交水稻。粳稻(日本晴)基因组的精细图谱已经获得。获得普通野生稻全基因组从头测序的框架图,测序工作主要由第二代高通量测序仪Solexa GA II完成,此外,必将大大促进云南野生稻资源的研究与发掘利用。
普通野生稻全基因组是利用高通量、项目组正在加紧绘制普通野生稻的基因组精细图谱。普通野生稻全基因组框架图谱的获得以及精细图谱的进一步绘制,也是世界上第一个完成的高杂合度野生稻全基因组框架图谱。由于它与栽培稻有着密切的亲缘关系,
2010年8月,云南省高端科技人才项目、对植物王国云南丰富的野生植物种质资源的研究、研究表明,基因覆盖度约为 90%以上。基因组图谱达到国际领先标准。这是我国科学家自主完成的第一个野生稻全基因组测序计划,中科院昆明植物所高立志研究员团队完成普通野生稻基因组高覆盖的序列测定、该框架图的完成,普通野生稻基因组计划取得的成果,
2010年8月,